上写真＝第99回大会を制したのは神戸。記念すべき100回大会で王者となるのは…（写真◎Getty Images）
準々決勝は12月23日、準決勝は12月27日
新型コロナウイルスの影響により、Jリーグは大きくに日程が変更された。2月に中断し、再開（開幕）されるのはJ2とJ3が6月27日、J1は7月4日。リーグ戦は12月19、20日まで続く。
第100回大会となる天皇杯は、そうした状況を鑑みて、大会方式を変更することとなった。すでに4月23日の時点で方式変更を発表していたが、Jリーグの日程が正式に決まり、あらためて調整。そこには、関係者の安全を最優先し、Jリーグのレギュラーシーズンをできる限り消化できるように、サッカー界全体でサポートしていくという前提がある。
大会方式は8回戦制のノックアウト方式で、参加チームは52。JクラブはJクラブは、J1のリーグ戦上位2チームが準決勝、J2とJ3の上位1チームがそれぞれ準々決勝から参加する（そのほかのJ1、J2、J3のチームは出場せず）。また、アマチュアシード（Honda FC）は2回戦より出場となる。また、都道府県代表は所属する第1種加盟チームのうち、JFL、社会人連盟、大学連盟等を対象とする。
大会スケジュールと参加チームの内訳は次の通り。
1回戦：9月16日（水） ※都道府県代表32チーム出場
2回戦：9月23日（水） ※アマチュアシード1チーム､都道府県代表15チーム出場
3回戦：10月28日（水）
4回戦：12月12日（土）＆13日（日）
5回戦：12月20日（日）
準々決勝：12月23日（水）※J2・J3各1チームが出場
準決勝：12月27日（日） ※J1の2チームが出場
決勝：1月1日（金・祝）
なお、新型コロナウイルスの影響もあって出場登録チームが減少し、大会方式の変更によって本選の参加チーム数が減少したことを考慮して、入賞上位チームに対する強化費も変更されることになった。優勝チームの強化費は1億5000万円から1億円に、準優勝チームは5000万円から3000万円に、3位の2チームの強化費2000万円は1000万円に、それぞれ変更される。
